Congrégation reconnue par l’Eglise catholique, fondée en 1975 dans le diocèse d’Autun par le Père Marie-Dominique Philippe, dominicain. Ses membres sont également appelés « les petits gris ». Elle se compose de trois communautés : les Frères de Saint-Jean, les Soeurs Apostoliques de Saint-Jean et les Soeurs de Saint-Jean (contemplatives). La congrégation s’est d’abord implantée en France et en Suisse romande, puis en Amérique, en Afrique, dans des pays d’Europe de l’Est et en Asie. Elle possède 98 prieurés dans 21 pays.


Elle se caractérise par sa volonté de préserver les traditions de l’Eglise Catholique. Les membres vivent en communauté mais, dans les cas des Frères de Saint-Jean et des Sœurs Apostoliques, ils peuvent avoir des activités à l’extérieur dans des aumôneries ou des paroisses, à la demande et sous l’autorité d’un évêque. [En 1997, le Cardinal Lustiger a cependant retiré à la communauté la direction de l’aumônerie du Collège Stanislas à Paris ; d’autres évictions semblables se sont produites en France et en Suisse.]. Les Sœurs de Saint-Jean se consacrent uniquement à la vie monacale, dans des communautés particulièrement fermées et assez traditionnelles.

Les communautés Saint-Jean sont très prosélytes et recrutent beaucoup, surtout parmi de très jeunes adultes souvent sans diplôme et sans expérience. On peut s’interroger sur les délais très courts qui précèdent l’entrée de jeunes dans la communauté. En 2006, le pape Benoît XVI a d’ailleurs demandé au Père Marie-Dominique Philippe « un discernement plus profond des vocations ». De plus, une fois engagés, ces jeunes sont amenés à s’isoler presque complètement de leur famille et de leurs anciens amis. Il a été fait état de cas de dépressions graves et même de suicides, de problèmes de santé ainsi que d’affaires de mœurs.
Alerté par ces dérives et l’augmentation des demandes de retour à la vie laïque de la part des membres de la congrégation, l’évêque d’Autun, en charge de la communauté, adresse en juin 2000 aux membres des Frères de Saint-Jean, une « une monition canonique » qui fait état de pressions et de contraintes psychologiques affectives ou spirituelles, de l’obéissance absolue et aveugle à l’autorité, de décisions inappropriées prises par les supérieurs.
En 2001, le fondateur, le Père Marie-Dominique Philippe, objet d’un véritable culte de la personnalité, voit son temps d’enseignement réduit et est remplacé par un nouveau prieur. En 2003, devant la persistance des problèmes, et le départ de plusieurs professeurs de théologie mettant en cause la formation et le discernement des vocations, l’évêque nomme deux assistants religieux afin de gérer la crise. Le père Marie-Dominique Philippe est décédé en août 2006.